Test à flux latéral prêt à l’emploi sur le terrain pour l’influenza aviaire

Énoncé du problème

L'influenza aviaire (IA), couramment appelée « grippe aviaire », est une maladie virale contagieuse qui affecte principalement les oiseaux, en particulier les volailles. Les virus de l'IA sont classés en deux catégories : à faible pathogénicité – influenza aviaire faiblement pathogène (IAFP); à haute pathogénicité – influenza aviaire hautement pathogène (IAHP), selon la gravité de la maladie provoquée chez les volailles gallinacées. Les oiseaux sauvages, notamment le gibier d'eau et les oiseaux de rivage sont des hôtes naturels des virus de l'influenza, et leur migration peut entraîner la propagation de ces virus au-delà des limites territoriales. Chez les humains, la transmission peut avoir lieu par contact très étroit avec les oiseaux infectés ou des environnements fortement contaminés. De plus, dans de rares cas, le virus de l'IAHP peut provoquer la maladie et parfois entraîner la mort chez l'humain.

L'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) a lutté activement contre l'épidémie d'IAHP qui a commencé à se propager au Canada à compter de la fin de 2021. Les infections à l'IAHP chez les poulets et d'autres élevages constituent une menace pour l'industrie de la volaille, entraînant d'importantes pertes économiques, car il faudra peut-être éliminer les oiseaux infectés afin d'éviter la propagation de la maladie. En 2022, les exportations de poulets et de dindons ont diminué respectivement de 32,3 % et de 8,7 %, par rapport à 2021 ^{Note de bas de page 1}.

Les laboratoires de l'ACIA diagnostiquent actuellement l'IA en appliquant des méthodes moléculaires qui détectent le génome du virus au moyen de différentes épreuves de transcription inverse couplée à l'amplification en chaîne par polymérase en temps réel (RRT-PCR).

Même si ces tests de diagnostic sont très sensibles et spécifiques, ils sont difficiles à effectuer sur le terrain, ce qui retarde l'obtention des résultats pour le personnel des exploitations sur place, les résultats n'étant pas produits dans des délais raisonnables et de façon accessible. Cela pose des difficultés lorsqu'on essaie de prendre rapidement et efficacement des mesures en cas d'éclosion.

Il a été démontré que les tests à flux latéral permettent de détecter divers pathogènes, y compris l'IA. Toutefois, la méthode à flux latéral existante ne remplace pas adéquatement les épreuves RRT-PCR. L'insuffisante sensibilité et spécificité des tests à flux latéral existants sont des facteurs critiques qui empêchent leur déploiement et leur utilisation sur le terrain aux fins de diagnostic.

L'objectif de ce défi est de mettre au point un test à flux latéral facile à utiliser, rapide et abordable, en vue de dépister simultanément l'IA et les sous-types H5 et H7, dont la sensibilité et la spécificité soient équivalentes aux tests de diagnostic moléculaire couramment utilisés dans les laboratoires de l'ACIA. La mise au point d'une telle technique permettrait de fournir aux exploitants agricoles, aux vétérinaires et aux inspecteurs de l'ACIA un outil facile à utiliser pour dépister l'IA chez les animaux, ce qui peut en retour favoriser la détection précoce de la maladie afin de la contenir et d'en arrêter la propagation.

Résultats souhaités et éléments à considérer

Résultats essentiels (obligatoires)

La solution proposée doit :

1. Consister en un dispositif à flux latéral qui détecte tous les virus de l'influenza aviaire dans un échantillon de l'oropharynx et d'écouvillonnages cloacaux en utilisant les régions conservées d'influenza A (p. ex., les segments associés à la nucléoprotéine et à la protéine de matrice)
2. Être en mesure de détecter les sous-types H5 et H7 de l'influenza aviaire
3. Fournir une sensibilité avoisinant un seuil du cycle dont la valeur s'établit entre 32 et 35, ce qui correspond aux essais moléculaires (épreuves RRT-PCR) actuellement utilisés pour les diagnostics
4. Fournir une fiabilité et une répétabilité avec une spécificité élevée semblable aux épreuves RRT-PCR
5. Fournir un signal qualitatif fiable (probabilité minimale de faux positifs et de faux négatifs s'établissant à 2 %) qui indique la présence du virus lorsque les concentrations sont inférieures à un seuil du cycle de 32 par échantillon)
6. Avoir une capacité robuste d'exploiter et de produire des résultats dans des températures variées (c.-à-d. entre 5 et 35 degrés Celsius)
7. Avoir une taille et un poids qui rend l'unité transportable par une seule personne pour un usage sur le terrain
8. Être conviviale (facile à utiliser sans formation technique ou utilisable par des non-experts)
9. Être en mesure de générer des résultats en 30 minutes ou moins, à compter du moment où les écouvillonnages nasaux ont été prélevés
10. Être moins coûteuse que les essais moléculaires effectués dans un laboratoire de référence (ne peut pas dépasser 20 $ par essai)

Résultats supplémentaires

La solution proposée devrait :

1. Convenir à la détection de l'antigène du virus de l'influenza A, dans un homogénat de tissus animal (p. ex., tissu du tractus gastro-intestinal ou tissu nerveux)
2. Fournir un signal qualitatif secondaire ou de remplacement fiable lorsque la présence du virus correspond à un seuil de cycle de 32 dans un échantillon
3. Fournir une intensité du signal fiable qui augmente en fonction des concentrations de virus dans un échantillon

Historique et contexte

L'influenza aviaire (IA), communément appelée « grippe aviaire », est une infection virale contagieuse qui peut toucher plusieurs espèces de volailles commerciales ainsi que des oiseaux domestiques et sauvages. Les virus de l'IA peuvent être classés en deux catégories : à faible pathogénicité – influenza aviaire faiblement pathogène (IAFP); à haute pathogénicité – influenza aviaire hautement pathogène (IAHP), selon la gravité de la maladie provoquée chez les volailles gallinacées. La plupart des virus de l'IA sont faiblement pathogènes – ne provoquent habituellement que peu ou pas de signes cliniques chez les oiseaux infectés. Cependant, les virus de l'IA hautement pathogènes peuvent entraîner une maladie grave et causer la mort des oiseaux.

Les virus de l'IA sont classés par sous-types, en fonction de deux glycoprotéines qui se trouvent à la surface du virus : l'hémagglutinine ou protéine « H »; la neuraminidase ou protéine « N ». Il existe 16 types H et 9 sous-types N, ce qui porte à 144 le total de combinaisons possibles de sous-types de virus. Les sous-types H5 et H7 du virus sont particulièrement préoccupants, étant donné leur capacité à muter pour devenir hautement pathogènes une fois qu'ils ont infecté des volailles gallinacées, alors qu'ils étaient faiblement pathogènes au départ. Ces deux sous-types H du virus sont responsables des cas de maladie grave ou de mortalité enregistrés chez la volaille domestique; en revanche, les virus H5 et H7 faiblement pathogènes sont très répandus chez la sauvagine.

Les virus de l'influenza aviaire ont évolué en deux lignées phylogénétiquement différentes (nord-américaine et eurasienne) en raison des barrières géographiques naturelles ainsi que de la distribution et de la migration distinctes du gibier d'eau. Dans de rares cas, ces virus peuvent traverser ces barrières sur les côtes continentales dans les parties du Pacifique et de l'Atlantique du Canada où des voies migratoires se chevauchent. Par conséquent, il se produit un échange de segments de gêne entre des virus appartenant aux deux lignées ou une dispersion complète de souches génétiquement diversifiées. Par exemple, la souche H5N1 qui a été signalée dans divers endroits en Europe se distingue tout à fait de la souche asiatique. Au Canada, les virus d'IAHP et les sous-types H5 et H7 d'IAFP sont des maladies à déclaration obligatoire en vertu de la Loi sur la santé des animaux ^{Note de bas de page 2}. Tous les cas doivent être signalés à l'ACIA.

Les éclosions de l'IAHP (p. ex., H5N1) présentent un risque important pour l'industrie de la volaille au Canada et peuvent avoir des conséquences généralisées – y compris des taux élevés de cas de mortalité chez les volailles, l'abattage d'oiseau pour contrôler la propagation de la maladie –, et des répercussions sur la capacité des producteurs à exporter leurs animaux. En outre, certaines souches de virus d'IAHP comme les virus H5NX, A/goose/Guangdong/1/1996 (lignée Gs/GD), peuvent avoir des effets sur la faune – la mortalité a été observée dans un vaste éventail d'espèces, aussi bien chez les oiseaux sauvages, avec des sauts d'espèce sporadiques, que chez des mammifères carnivores domestiques et sauvages, comme les chiens et les chats, en passant par les mouffettes, les renards et les mammifères marins (dauphins et phoques).

La norme de référence actuelle en matière de diagnostic des maladies infectieuses, y compris l'IA, exige une confirmation de la maladie de la part d'un laboratoire. Le Centre national des maladies animales exotiques (CNMAE) à Winnipeg est un laboratoire de référence de l'Organisation mondiale de la santé animale (OMSA) pour l'IA. À cet endroit on confirme les détections d'IA au Canada au moyen des méthodes moléculaires (RRT-PCR) et, ensuite, on procède à l'isolement du virus et au séquençage du génome. Dans un premier temps, on a recours à une épreuve RRT-PCR pour détecter la présence de matériel génétique de l'influenza aviaire, dans l'échantillon clinique. Si la présence est détectée, on effectue une épreuve RRT-PCR supplémentaire qui vise à détecter la présence des protéines H5 et H7. La présence d'un des deux sous-types de virus déclenche d'autres essais moléculaires pour confirmer la présence d'une souche d'IAHP
ou d'IAFP. Bien que les épreuves RRT-PCR soient scientifiquement robustes, elles sont exigeantes en main-d'œuvre et nécessitent de l'équipement de laboratoire coûteux. De plus, ce processus prend beaucoup de temps; il faut transporter les échantillons au laboratoire, puis effectuer les épreuves; plus de quatre heures pourraient être nécessaires pour obtenir les résultats. L'approche actuelle ne fournit pas au personnel des exploitations, des renseignements exacts en temps réel sur leur élevage; il ne peut donc pas prendre des décisions éclairées.

De plus en plus apparaît la nécessité de mettre au point une trousse de tests diagnostiques rapides, faciles à utiliser et abordables, pouvant être utilisée sur le terrain par différents utilisateurs, y compris le personnel des exploitations et les vétérinaires. L'accès à ces types de trousse de dépistage contribuerait à la détection précoce et rapide de la maladie et/ou des éclosions, permettant ainsi au personnel des exploitations de mettre rapidement leurs animaux en quarantaine, ce qui, en fin de compte, contribuerait à réduire la transmission de la maladie.

Plusieurs subventions pourraient résulter de ce défi.

Phase 1 :

• Le financement maximum disponible pour toute subvention de la phase 1 résultant de ce défi est de : 150 000,00 $ CAD
• La durée maximale de tout projet de la phase 1 financé par une subvention résultant du présent défi est de 6 mois
• Nombre estimé de subventions pour la phase 1 : 2

Phase 2 :

• Le financement maximum disponible pour toute subvention de phase 2 résultant de ce défi est de : 1 000 000,00 $ CAD
• La durée maximale de tout projet de la phase 2 financé par une subvention résultant du présent défi est de 24 mois
  • Note : Seules les entreprises éligibles qui ont terminé la phase 1 peuvent être prises en considération pour la phase 2.
• Estimation du nombre de subventions de la phase 2 : 1

Note : Les entreprises sélectionnées sont admissibles pour recevoir une subvention par phase et ce, par défi.   

Cette divulgation est faite de bonne foi et n'engage pas le Canada à accorder une quelconque subvention pour le financement total approximatif. Les décisions finales concernant le nombre de subventions des phases 1 et 2 seront prises par le Canada sur la base de facteurs tels que les résultats de l'évaluation, les priorités du ministère et la disponibilité des fonds. Le Canada se réserve le droit d'accorder des subventions partielles et de négocier des modifications de la portée du projet.

Déplacements :

Aucun déplacement n'est prévu pendant la phase 1. Les réunions de projet se tiendront par téléphone ou par vidéoconférence.

Réunion de lancement

Les communications pourront se faire par téléphone ou par vidéoconférence.

Réunion(s) de progrès

Toute réunion de progrès des travaux sera menée par téléphone ou par vidéoconférence.

Réunion d'examen final

Les communications pourront se faire par téléphone ou par vidéoconférence.

Les propositions de solutions peuvent uniquement être présentées par une petite entreprise qui satisfait aux critères suivants :

• être à but lucratif
• être constituée au Canada (au fédéral ou au provincial)
• compter au plus 499 employés équivalent temps plein (ETP)^{Note de bas de page *}
• mener des activités de recherche-développement au Canada
• verser présentement au moins 50 % de ses salaires, rémunérations et honoraires annuels à des employés et à des entrepreneurs qui passent la majeure partie de leurs heures de travail au Canada^{Note de bas de page *}
• compter au moins 50 % de ses employés ETP dont le lieu de travail habituel est au Canada^{Note de bas de page *}
• compter au moins 50 % de ses cadres supérieurs (vice-président ou niveaux supérieurs) dont la résidence principale est au Canada^{Note de bas de page *}

Le candidat doit remplir le formulaire électronique de présentation de la proposition pour le volet Défi, et y fournir assez d'information pour permettre au Canada d'évaluer la proposition par rapport aux critères et au schéma d'évaluation. L'information doit montrer en quoi la solution proposée répond à chaque critère.

Partie 1 : Critères obligatoires

Les propositions doivent satisfaire à tous les critères obligatoires indiqués en obtenant la mention « Réussite » pour passer à la partie 2. Les propositions qui ne satisfont pas à tous les critères obligatoires seront jugées non recevables et seront écartées.

Critères obligatoires et critères cotés avec note minimale de passage

(à satisfaire obligatoirement par la proposition du candidat)

Partie 2 : Critères cotés

Les propositions doivent atteindre une note minimale de passage de 50 % pour être jugées comme recevables. Les propositions qui n'atteignent pas la note minimale de passage seront déclarées comme non recevables et seront écartées.

Critères cotés

(à satisfaire par la proposition du candidat)

Toutes les questions concernant ce défi en particulier devraient être adressées à solutions@ised-isde.gc.ca.

Toutes les demandes de renseignements doivent être présentées au moins dix jours civils avant la date de clôture. Pour ce qui est des demandes de renseignements reçues après ce délai, il est possible qu'on ne puisse pas y répondre.

Vous pouvez également consulter la Foire aux questions sur le programme Solutions innovatrices Canada.

Un lexique est aussi disponible.